Những người Nam Đảo và Negrritos đã di cư đến các hòn đảo này trong khoảng từ 6.000 đến 30.000 năm trước kia. Vào thế kỷ 12, những người định cư từ các đế chế sụp đổ Srivijaya, Majapahit và Brunei đến định cư ở đảo Panay và các đảo xung quanh. Đến thế kỷ 12, các thương nhân Ả Rập và nhưng người tuỳ tùng thám hiểm quần đảo Mã Lai, họ đã cải đạo cho một số bộ tộc sang Hồi giáo và nhưng bộ tộc này sau đó thi hành cả Hồi giáo và thuyết vật linh. Người Visayas đã có các mối quan hệ ngoại giao chặt chẽ với các vương quốc mà ngày nay thuộc Malaysia và Indonesia

Trong Cách mạng Philippines và cuộc chiến Mỹ-Philippines từ 1896-1913, đảo Negros và các đảo lân cận khác đã bắt đầu chiến đấu. Sau khi giành được độc lập từ năm 1946, vùng Visayas được thành lập và tái lập chính quyền và một số Tống thống của Philippines cũng đã xuất thân từ đây.

Năm 2005, đảo Palawan đã được chuyển sang Vùng VI (Tây Visayas) bởi Quyết định số 429 [6] Tuy nhiên việc này đã bị hoãn lại.[7] Do đó hiện nay Palawan vẫn thuộc Vùng IV-B (MIMAROPA).